经过清康熙、乾隆间的逐步发展,至十九世纪末期,台湾佛教形成了月眉山系、观音山系、法云寺系、大岗山系四大法脉,这是台湾早期正统佛教的派系,前三者与福州鼓山涌泉寺密切相关。据鼓山涌泉寺方丈普法介绍,福州鼓山涌泉寺已有近一千一百年历史,是中国禅宗最重要的道场之一,中国佛教协会的六任会长中,有五任与鼓山有法脉联系。台湾十大寺庙都是从福州鼓山分灵出去的,并于一百多年前在台湾基隆修建了涌泉寺,台湾佛教中小寺庙中六成的法缘来自福州鼓山,现今台湾中华佛教会会长净良长老,就曾是福州鼓山涌泉寺方丈室的看门人。
清光绪二十四年(1898),福州鼓山涌泉寺善智、妙密二法师赴台弘法,信众甚多。翌年(1899),他们发起在基隆东郊月眉山兴建灵泉禅寺。历时三载,规模初具,但两法师先后示寂。不久善慧法师(台湾基隆人,祖籍福建永定,为福州鼓山涌泉寺景峰法师之徒)从鼓山涌泉寺返台,继续兴建;天王殿、大雄宝殿、禅堂、开山堂、灵塔等次第落成。灵泉寺不仅是台湾第一个具有丛林规模的禅刹,还是月眉山派的发祥地。其分灯寺院达47处之多,主要分布于台湾东部与北部。善慧法师与鼓山涌泉寺的关系始终密切。1924年,福州鼓山涌泉寺传授三坛大戒,虚云法师任得戒大和尚,复仁法师任教授阿阇黎,而羯磨阿阇黎则聘善慧法师担任。1925年,善慧法师又应聘参加福州怡山西禅寺举行的传戒法会。历史上,台湾月眉山灵泉禅寺的善慧法师、观音山凌云禅寺的本圆法师以及法云寺的妙果法师等均是在福州鼓山涌泉寺出家的。福州鼓山涌泉寺方丈普法法师也曾多次应邀出访台湾,倍感亲切。当月眉山灵泉禅寺举行纪念建寺100周年庆典时,普法法师曾撰联相贺:“石鼓开山,千载尤崇兴圣;月眉衍派,百年更仰露堂。”
其中“兴圣”指的是鼓山开山兴圣国师神晏,而“露堂”则是月眉山善慧法师的别名。
作为台湾佛教观音山系大本山的凌云寺,位于台北县五股乡境内。清光绪九年(1883),福州鼓山涌泉寺理明法师游此,见主峰挺拔、群山环抱,堪称藏龙卧虎之地,遂约其同戒师兄宝海来此搭茅蓬,奉佛潜修。至光绪三十四年(1908),有僧本圆、觉净师徒来访,宝海因理明已圆寂多年,遂邀他们共同建寺。不久,宝海亦示寂。本圆、觉净师徒十易寒暑,才建成大雄宝殿、寮房与斋堂,寺定名观音山凌云禅寺。本圆法师是台湾基隆人,俗姓沈,生于清光绪八年(1882),幼聪颖过人,16岁拜僧法参为师,出家于福州鼓山涌泉寺,后遍访国内名山古刹,达10年之久,其间在鼓山修学多年。1923年,他主持传戒时,福建省长萨镇冰将军赠“果证菩提”匾相贺。1947年示寂。觉净法师是台北县新庄市人,清光绪十八年(1892)出生于中坜市,三十三年(1907)依本圆法师出家于福州鼓山涌泉寺。宣统二年(1910)为涌泉寺知客。1914年,他返台湾任凌云寺监院之职。
作为台湾佛教法云寺系大本山的法云寺,位于苗栗县大湖乡山中。1912年,台湾地方绅耆倡议在此建寺,恰逢从福州参学回来的妙果法师(台湾桃园人,福州鼓山涌泉寺觉力法师之徒,曾亲近涌泉寺良达法师多年)经此,计划遂定,于是妙果法师返福州礼请其师觉力法师赴台。觉力法师是福建厦门鼓浪屿人,俗名林金狮,礼万善老人为师,出家于福州鼓山涌泉寺。他赴台后,经过三年的努力,建成法云禅寺,并被尊为开山祖师。觉力法师还创办佛学社,培养青年学僧;十余年间共传授三坛大戒7次,地点均在法云寺。1933年6月13日觉力法师示寂,由妙果法师继席为第二代住持。由于觉力法师门人众多,法脉绵延,形成大湖法云寺派,据1959年《法云禅寺派系录》所载,分灯寺院有l28处,堪称台湾佛教最兴盛的一系。
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近代,赴台弘法的福建名僧还有会泉、圆瑛与慈航诸法师。会泉法师为福建省同安人,清光绪十八年(1892)出家于厦门虎溪岩。1920年3月,台湾高雄大岗山永定法师亲自来福建迎请会泉法师赴台弘法。会泉法师赴台后,先在大岗山龙湖庵讲解《金刚经》,又在超峰寺讲儒家的经典《大学》。1923年,会泉法师在会机法师的陪同下,又抵台湾高雄弘法,他在龙湖庵讲解《心经》、《地藏菩萨本愿经》及《唯识论》,接受数十名在家居士的皈依,并为他们授戒。1933年3月,会泉法师在其弟子宏船陪同下,第三次赴台湾高雄弘法。他在龙湖庵开讲《起信论》与《金刚经》,将佛事的各种唱念法与拜万佛、水陆法事的仪规传授与台岛僧尼。同年10月,会泉法师第四次赴台,在高雄大岗山龙湖庵讲解《地藏菩萨本愿经》,并主持台湾佛教有史以来的第一次水陆法会,为100名在家男女信徒传授三皈五戒。这一年,会泉法师还在厦门万石莲寺创办佛学研究社,以至会泉法师从台岛归来时,有20多位台湾僧人随同来研究社学习。后印顺法师曾这样评价会泉法师:“自律严而为法切,宜其弘化闽南、台湾,所至翕然从化。”
圆瑛法师为福建古田人,清光绪二十二年(1896)出家于福州鼓山涌泉寺。1923年秋,他应台湾基隆灵泉寺善慧法师之邀前往讲经。圆瑛法师赴台后还到台中慎斋堂、台南开元寺、新竹金刚寺等处弘法。
慈航法师为福建建宁人,1912年出家于泰宁峨嵋峰寺,后受法于圆瑛法师。1929年,他任安庆迎江寺方丈时,曾创办佛学研究部,致力僧伽教育,为台湾佛教教育第一人,成为佛教学院派代表人物。门下有许多由大陆赴台僧才,后来诸多长老、佛学院师资皆出自他的门下。其学统亦承自闽南佛学院。 1948年冬,他应台湾中坜圆光寺妙果法师礼聘,赴台创办台湾佛学院。1949年慈航法师在台湾圆光寺、灵泉寺、灵隐寺及汐止静修院讲经。在汐止静修院时,他曾组织护法会募建弥勒内院为僧众栖止之所,每日为僧众讲解因明学、《唯识论》、《楞严经》、《楞伽经》等经典。1951年任弥勒内院住持。1954年9月19日,慈航法师示寂于弥勒内院,世寿60岁。三年后开缸发现肉身不坏(为台湾保存肉身不坏之第一人),乃装金入塔院,至今完好地保存在台湾。
广钦和尚,闽南晋江人,出家于泉州承天寺,受戒于莆田囊山寺,赴台后创广明岩、碧潭寺、广照寺、承天寺、广承岩等,影响力甚巨,成为传统寺院派代表人物。